El MegaGIS posee dos tipos de licencias:
En ambos los tipos, el usuario cuenta con el Suporte Técnico y Mantenimiento durante el primer año. Después de ese periodo, es necesario que se contraten los servicios de Mantenimiento y Suporte Anual para que se pueda disfrutar de las actualizaciones.
| Tipo | Unidad (USD) |
| Licencia Comercial | 1.000,00 * |
| Contrato de Mantenimiento y Suporte Anual | 400,00 |
| Licencia Académica | 290,00 * |
| Contrato de Mantenimiento y Suporte Anual | 100,00 |
Usuarios de cualquier versión del MegaGIS con Contrato de Mantenimiento y Suporte Anual activo, pueden disfrutar de la actualización del software para la versión 2.1 sin costo.
Usuarios de cualquier versión del MegaGIS que tengan el Contrato de Mantenimiento y Suporte Anual vencido, deben contratar el servicio de Mantenimiento y Suporte Anual para que puedan disfrutar de la actualización del soltare para la versión 2.1.