O MegaGIS possui duas modalidades de licenças:
Em ambas as modalidades o usuário conta com Suporte Técnico e Manutenção durante o primeiro ano. Após este período é necessária a contratação do serviço de Manutenção e Suporte Anual para ter direito às atualizações.
| Modalidade | Unitário (R$) |
| Licença Comercial | 1.625,00 |
| Contrato de Manutenção e Suporte Anual | 600,00 |
| Licença Acadêmica | 400,00 |
| Contrato de Manutenção e Suporte Anual | 150,00 |
Usuários de qualquer versão do MegaGIS com Contrato de Manutenção e Suporte Anual ativo, tem direito a atualizar o software para a versão 2.1 sem custos.
Usuários de qualquer versão do MegaGIS que tenham o Contrato de Manutenção e Suporte Anual vencido, devem contratar o serviço de Manutenção e Suporte Anual para terem direito a atualização do software para a versão 2.1.